按道理說，消滅了二十萬反賊之后，應該迅速向江西反賊展開進攻，徹底平定江西之亂。但南京需要善后的事情實在太多，以至于根本抽不出精力進攻江西。
就繼續進兵問題，朱由檢召集眾手下商議。洪承疇建議暫緩進攻江西，先把南京周圍府縣拿下來再說。
在反賊攻入南京外城以后，應天府所屬各縣，以及南直隸所屬江南各府，紛紛選擇投降了反賊。這些府縣距離南京太近，很多還位于進兵江西的路上，必須先收復再說。
好在這些府縣占地雖廣，但并沒有什么軍隊，頂多是士紳召集的地方軍，戰斗力連反賊都不如，收復起來并不困難。
“以臣看來，不宜倉促進兵，而應該穩扎穩打，打下一處地盤，便立刻進行均田改制。穩定一處之后，再攻打下一處反賊。”洪承疇建議道。
“若是這樣的話，恐怕至少半年時間才能拿下江南各府，攻打江西至少要到秋天。可若是不迅速打下江西湖廣，就沒法從江西湖廣調糧，怎么解決江西四府糧荒問題？”朱由檢皺眉道。
“陛下放心，二十萬反賊被全殲，袁崇煥被抓住凌遲的事情很快便會傳到江西湖廣。那些造反的士紳必然膽寒不已。二十萬反賊大軍都完了，江西剩下軍隊根本就沒多少，湖廣兵更是不值一提，現在不管是江西還是湖廣士紳定然都人心惶惶，生怕禁衛軍會殺過去。
臣估計，用不了多久，江西反賊甚至湖廣反賊內部都會生亂，那些士紳必然會爭先恐后的想法接觸咱們，試圖能免其死罪。所以根本就不用發兵攻打，江西甚至湖廣的糧商會自發運糧到江東，到時糧荒問題自解。”洪承疇解釋道。
南京之戰，二十萬反賊被全殲，必然嚇壞各地士紳官員，讓這些人再不敢反抗。繼續造反的話肯定死路一條，自己難逃一死不說，還會牽連家族。不造反的話，禁衛軍攻過去之后，頂多田地被分家奴被釋放，性命還是能保住的。和性命相比，田地等身外之物就算不了什么了。
“真的會這樣嗎？”朱由檢將信將疑。畢竟整個江東四府有五六百萬百姓，一旦出現糧荒，必然會影響剛剛凝聚的人心，朱由檢不愿看到這種情形出現。
“朕希望夏天之前能夠攻下江西、湖廣，最好不要影響夏糧征收。畢竟北方還指望著江南的漕糧。”朱由檢道。
“陛下說的是，是臣考慮的不周全。”洪承疇想了想，“這樣吧，現在就發兵進攻南直各府，打下之后進行均田改制的同時，繼續進攻江西，同時分兵進攻湖廣。江西、湖廣的均田改制今年暫時不進行，等到冬天時再做。”
“如此甚好。”朱由檢點點頭，同意了洪承疇的提議。
于是朱由檢下旨，封李定國為討逆將軍，帶領精兵三千，負責攻打南直各府。隨同李定國的還有在鎮江考試招募的大量官吏，每打下一個州縣，都會由這些官吏在當地進行均田，均田的同時會設立鎮村二級組織，同時在當即招募農兵作為地方武裝力量。
與此同時，南京城內也要進行整頓。南京內外兩城的百姓屬于應天府管轄，分屬上元、江寧二縣，經過商議后，朱由檢決定在縣下設坊，整個南京城共設了三十六個坊，每個坊設坊長一名，正八品，佐吏若干，負責整個坊的管理工作，坊的地位和鎮相同。
隨著新收復地盤增多，需要用到大量的官吏，僅憑朱由檢現在手中的官吏，數量是遠遠不足，接下來還要在南京城進行一次吏考，選拔基層吏員。
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