老殘克服了路途中的艱難險阻，路經太平洋、印度洋、紅海、地中海、大西洋，游歷南洋、印度、奧斯曼、歐洲，并在勞拉的幫助下，喬裝乘坐郵輪穿越了大西洋。
眼看勝利在望，老殘卻被林肯總督的憲兵逮捕。
原來是尾隨而來的偽清御醫的幫兇出賣了老殘。
好在，紐約的波特醫生當時還沒有南下，成為美利堅電侯。
他作為老殘的大師兄，義無反顧的幫助了他。
最終老殘順利脫險，與勞拉一道穿越了殷洲大陸，抵達鳳都。
此時老殘從報紙上得知，大明天子體恤民情，為了培養更多的赤腳醫生，準備將第一期赤腳醫生培訓班改在神州的石家莊白夏兒醫院舉辦。
而先期抵達鳳都的郎中將全部在今天下午登船“扁鵲”號，一道返回神州。
老殘興沖沖地趕往碼頭，然而碼頭上喧鬧無比，根本找不到那艘扁鵲號。
最終他才發現，因為一路上他都朝西前進，跨越了日期變更線，因此報紙上說的日期，其實是昨天。
就在老殘感到絕望的時候，海邊忽然升起黑煙。
扁鵲號蒸汽輪船居然返回了碼頭。
原來，老殘的師兄，美利堅神醫波特醫生在了解到了老殘的遭遇后，給他的老師雄鳳山神醫發了一封電報。
得知此事的雄鳳山老神醫覺得其中必然大有玄機，便又上報給了東廠二把手，副提督野牛嬸嬸。
經過野牛嬸嬸縝密的偵查，最終發現，這個混入其中的偽清御醫的真實目的，不僅僅想要竊取大明的醫學知識，試圖復活同治偽帝；
更想通過這次培訓班，伺機綁架大明東廠提督，萬歲爺心腹中的心腹，李春發李公公的獨子——李復明醫生。
他們的計劃是，綁架李復明之后，要挾李春發公公，取回同治的尸體加以研究，以達到反明復清，復辟偽清的邪惡目的。
南鎮撫司的緝捕艇在公海上追到了扁鵲號，并與已經劫持該船的偽清余孽展開戰斗。
最終，邪惡的偽清余孽被消滅了，但扁鵲號也受損嚴重，不得不返回碼頭。
一個月后，幾經波折的赤腳醫生培訓班終于在石家莊白夏兒醫院開幕了。
大明天子朱富貴以及皇后娘娘白夏兒也親自到訪。
老殘穿著繡著紅葫蘆的青衣，在人群中幸福地望著英武無比的天子，露出微笑。
他最終贏得了勝利，成為了一名光榮的大明赤腳醫生。
與此同時，他也得到了年輕、美貌、可愛的西班牙女郎勞拉的愛情。
只是，邪惡的偽清御醫依然沒有被逮捕歸案，正義的東廠和錦衣衛密探們，依然在全世界尋找這些危險分子。
到這里，故事便告一段落了。
……
劉鶚的這部小說不得不說腦洞很大，情節曲折離奇，非常的精彩。
在介紹世界各地風土人情和地理知識的同時，還表達出了強烈的正義感和人道主義精神，對各種野蠻、落后、愚昧的社會現狀進行了批判和鞭撻。