明正德五年，劉六劉七起義爆發，起義軍克濟寧后，沖入魯西南，克十縣，其中包括曲阜縣。起義軍并對距曲阜縣十里的闕里（按：孔子故居，代指孔府）進行了大肆破壞。
起義被鎮壓后，因圣人家被破壞而顏面掃地的朝廷痛定思痛，移曲阜城于闕里，將立于被賞賜的土地中間而無遮無擋的孔府包在新建的城磚石墻內，稱新城。原曲阜縣城則稱舊城。
這大概是中國歷史上為了保護一個非王族而修建了一座城的故事，空前絕后。
從正德八年開始一直到二十世紀三十年代，曲阜近乎等同于孔府，孔府等同于曲阜。
而從唐懿宗咸通年的孔續為曲阜縣令開始，曲阜城的縣令只有一個姓氏。間或有縣令因作女干犯科，失職不法而去職，但因歷代衍圣公保舉本家任職縣令，朝廷一般都給面子，后來就留下了慣例。
曲阜縣令雖然被孔氏把持了好幾百年，但形成慣例之后，縣令與衍圣公的關系未必好——衍圣公手頭緊一緊，縣令考績什么的都完不成。
縣令為了考績全聽衍圣公也不行，若全由著不著調的衍圣公，履職不力、包庇不法這兩個罪名可不小。
此際縣令孔貞教并非與孔尚賢本支，他當縣令僅僅是因為本家而已，這家伙與衍圣公孔尚賢近乎水火不容。
隆慶年間，因縣令孔承厚妨礙衍圣公孔尚賢管理新城，衍圣公奏請朝廷，稱曲阜設立知縣完全是冗官冗員：意思是曲阜交由孔府代管即可。縣令之職竟可以不設。
作為世代公爵，孔尚賢居然要觸碰勛戚不得干政的底線，差點捅了全體御史和給事中的馬蜂窩。
朝廷討論半天，給了孔尚賢一半面子。決定從孔氏廩膳生員中選取四人，經過兩次考核后，考選一人授以曲阜知縣，住舊城。
這知縣跟其他知縣一樣進行考核，與衍圣公管理孔府和孔廟的政務互不干涉。如此，才將管理民事的縣令和衍圣公的管轄權分離開。
孔承厚后面兩任縣令分別是孔弘晟和孔貞教。孔弘晟接任后，對衍圣公言聽計從，他當縣令的時，孔府中人就是新舊兩城以及鄉間的土皇帝。
等孔貞教接任，孔弘晟留給他一地雞毛。新舊城墻年久失修不說，稅收被孔府代管，孔貞教的辦公經費還得求著衍圣公府手指縫里漏點出來。
這誰能忍？孔貞教還得接受考成法考核呢。于是，上任后第一件事就是剝奪孔府代收代管曲阜稅政。衍圣公也不客氣，通知數百頃繳稅的孔氏地主，共同欠稅。同時，凡佃租孔府地的佃戶，丁銀只能繳到孔府，由孔府代繳，不得交給舊城。
一來二去，雙方斗出真火，衍圣公孔尚賢再寫奏章，把孔貞教告了。參他不孝、欺君等三項大罪。要按著罪名來看，孔貞教殺頭都是輕的。
上文已經說過，朝廷有言在先，衍圣公和縣令職權分開，衍圣公不得參奏舊城知縣，因為這是山東按察司或山東巡按的職權范圍。
孔尚賢仗著身份亂咬，要按以前朝廷敬著孔府的時候當然沒問題，但遇到朱翊鈞就出了問題。
奏章留中不說，朱翊鈞在早朝的時候對孔尚賢進行了嚴厲的斥責。罵他辜負了嘉靖皇帝關愛他的圣恩，責令他只管好孔府、孔廟分內之事，其令再敢出孔府一寸，衍圣公就得換人。